Остатки FBO Wildberries передаёт по API только один раз в день, что нужно учитывать при включённой настройке "Выгружать 0, если остаток на FBO больше, чем...".
Информацию об остатках FBO, которые на данный момент указаны в 1С, можно увидеть в отчёте "Остатки на маркетплейсах (по складам)".
Проверить обновлялись ли сегодня остатки FBO можно в разделе "RDV: Настройки и администрирование" - "Регламентные задания" - "Общий список". Вам нужно найти регламентное задание "Получение статистики маркетплейсов (Остатки, WB) (RDV)" и посмотреть дату последнего запуска данного РЗ.